이 서원은 선조 1년(1568)에 쌍계서원이란 이름으로 현풍 비슬산 기슭에 세워졌지만 임진왜란 때 불타버렸다. 그 뒤 선조 37년(1604)에 보로동서원이라는 이름으로 지금 이 자리로 옮겨 다시 세웠으며, 광해군 2년(1610) 에 ‘도동’이라는 사액(賜額)을 받았다.

서원의 정문인 수월루 아래 외삼문과 환주문을 지나면 강당인 중정당과 유생들이 기거하던 동재와 서재가 있다. 중정당 오른쪽 건물은 서원 관리인이 살았던 전사청이고, 왼쪽 뒤편의 건물은 목판과 유물을 보관하던 장판각이다. 중정당 뒤편에 있는 돌계단을 오르면 사당으로 들어가는 내삼문과 사당이 있으며, 내삼문 오른쪽에는 제기를 보관하는 증반소가 있다.

도동서원은 수월루에서 높은 곳을 따라 환주문 ․ 중정당 ․ 사당을 일직선상에 두어 앞에는 학문을 연구하는 강학 영역, 뒤에는 제사를 지내는 사당을 배치한 ‘전학후묘’(前學後廟) 구조이다. 또한 흙과 기와로 쌓은 담장을 둘러, 검소하고 단아하면서도 주변의 아름다운 자연과 조화를 이루도록 지은 점에서 한국 서원건축의 대표적 전형을 보여준다.